補助金に係る消費税仕入控除税額報告について

1　概要

• 消費税法（昭和63年法律第108号）における課税事業者は、課税期間における課税売上高に対する消費税額から、課税仕入れに係る消費税額等を控除した額を消費税として納付することとなっており、公益法人等に係る消費税の納付税額の計算にあたっては、補助金収入など売上以外の収入（以下「特定収入」という。）が100分の5以下の場合には、特定収入により賄われる消費税額は、課税仕入れに係る消費税額として課税売上高から控除できることになっています。
• 特定収入により賄われる消費税額は公益法人等において負担されないこととなるため、それぞれの補助金交付要綱に定められている交付条件に基づき、補助金を受けた事業者は、補助事業完了後に消費税及び地方消費税（以下「消費税等」という。）の申告により、補助対象経費に含まれる消費税額及び地方消費税額（以下「消費税額等」という。）のうち課税仕入れに係る消費税額等として控除できる金額が確定した場合には、これに係る補助金相当額を速やかに各年度の「消費税及び地方消費税に係る仕入控除税額報告書」をもって補助金の交付者（国、県）に報告することになっています。（間接補助事業者についても同様）
• なお、公益法人等以外の医療法人等（社会医療法人を除く。消費税法別表第三法人以外の法人。）については、特定収入に係る仕入税額控除の特例の適用がないことから、補助金により賄われる消費税額は、課税仕入れに係る消費税額として課税売上高に対する消費税から控除できることとなっており、同様に仕入控除税額報告書の提出が必要になります。

報告された仕入控除税額は補助金により賄われており、補助事業者は負担していないことから、補助金交付者（国、県）に返還をする必要があります。

注　「群馬県医療機関・薬局等における感染拡大防止等支援事業」に係る消費税仕入控除税額報告については、こちらのページをご覧ください。

2　仕入控除税額報告の要領

（1）報告対象事業者

交付を受けた補助金の交付要綱により消費税仕入控除税額報告を行うことが求められている事業者

（2）報告の時期

補助金の交付決定を受けた年度の消費税の確定申告後で、補助金交付者（国、県）から指示があったとき

（3）報告に必要な書類

1. 消費税及び地方消費税に係る仕入控除税額報告書（Wordファイル：15KB）
   消費税及び地方消費税に係る仕入控除税額報告書記入例（PDFファイル：104KB）
2. 報告額の積算の内訳書（返還がある場合）（Wordファイル：33KB）
   報告額の積算の内訳書（返還がある場合）記入例（PDFファイル：129KB）
3. 報告額の積算の内訳書（返還がない場合）（Wordファイル：25KB）
   報告額の積算の内訳書（返還がない場合）記入例（PDFファイル：91KB）
4. 補助金の交付決定を受けた年度の消費税の確定申告書及び付表2「課税売上割合・控除対象仕入税額等の計算表」
   　（参考1）仕入れ控除税額報告書及び記載例（Excelファイル：69KB）
5. 税率が混在する場合の記載例（8％と10％の場合）（Excelファイル：67KB）
6. 記載例とチェックポイント（PDFファイル：547KB）

3　仕入控除税額（返還額）の計算方法

（1）返還額がない場合

• 消費税の申告をしていない。
• 簡易課税方式により申告している。
• 特定収入割合が5％を超えている。（社会医療法人以外の医療法人を除く）
• 補助対象経費にかかる消費税を、個別対応方式において、「非課税売上のみに要するもの」として申告している。
• 補助対象経費が人件費等の非課税仕入となっている。

　※返還額がない場合でも報告は必要です。

（2）返還額がある場合

ア　課税売上割合が95％以上の法人等の場合

補助金額　×　10／110　＝　返還額

イ　課税売上割合が95％未満の法人等であって、個別対応方式により消費税の申告を行っている場合

ＡとＢの合計額

Ａ　課税売上のみに要する補助対象経費に使用された補助金
　補助金額　×　10／110　＝　返還額
Ｂ　課税売上と非課税売上に共通して要する補助対象経費に使用された補助金
　補助金額　×　10／110　×　課税売上割合　＝　返還額

ウ　課税売上割合が95％未満の法人等であって、一括比例配分方式により消費税の申告を行っている場合

補助金額　×　10／110　×　課税売上割合　＝　返還額

（3）注意事項

• 補助対象経費に課税仕入と非課税仕入が混在する場合、補助対象経費に含まれる課税仕入と非課税仕入の割合により補助額を案分し、課税仕入に係る補助金のみ計算の対象とすること。ただし、消費税の申告又は補助金の実績報告において補助金の使途を明確にしている場合には、課税仕入に使用した補助金のみ計算の対象とすること。
• 簡易課税方式により消費税を申告している場合や特定収入割合が5％を超える場合など、返還額がない場合であっても報告を行うこと。
• 返還額の計算において、課税売上割合は端数処理を行わずに計算し（ただし、消費税の申告において、課税売上割合を端数処理した場合には、その割合を用いる。）、また、算出された返還額は円未満を切り捨てること。
• 消費税率が8％の期間における返還額の算出にあっては、上記「10／110」を「8／108」で計算すること。
• このページは、平成17年9月20日付け厚生労働省医政局長通知「医療施設等施設整備費補助金、医療施設等設備整備費補助金等の消費税及び地方消費税に係る事務処理の適正化について」及び平成17年12月9日付け厚生労働省医政局指導課長通知「医療施設等施設整備費補助金、医療施設等設備整備費補助金、医療施設運営費等補助金及び地域医療対策費等補助金に係る消費税及び地方消費税に係る仕入控除税額報告書について」に基づき、群馬県健康福祉部医務課所管の補助金に係る消費税仕入控除税額報告に関する取扱いについてまとめたものです。当課所管以外の補助金に係る仕入控除税額報告の取扱いについては、それぞれの補助金の所管部署に確認いただきますようお願いいたします。

（4）計算例

事例1

• 補助金額：1,000,000円
• 補助対象経費：2,000,000円（人件費1,500,000円、消耗品費500,000円（税込））
• 課税売上割合：2.71828182846％（申告において端数処理しない）
• 一括比例配分方式による申告

1,000,000円　×　（500,000円　／　2,000,000円）　×　2.71828182846％　×　10／110　＝　679円（返還額）

事例2

• 補助金額：3,000,000円
• 補助対象経費：9,000,000円（人件費5,000,000円、設備費8,000,000円（非課税売上にのみ要する経費。税込）、消耗品費1,000,000円（課税売上と非課税売上に共通して要する経費。税込））
• 課税売上割合：2.7％（申告において端数処理する）
• 個別対応方式による申告

3,000,000円　×　（1,000,000円　／　9,000,000円）　×　2.7％　×　10／110　＝　899円（返還額）

（5）仕入控除税額（返還額）の返還

報告された仕入控除税額（返還額）については、後日、補助金交付者（国、県）から事業者に対して納付書（請求書）が送付されますので、事業者は金融機関の窓口等で返還金を納付します。